En esos tres años, Naruto ha entrenado duramente con Jiraiya, y Sakura se ha convertido en una kunoichi médico muy fuerte, gracias a su maestra Tsunade. Ambos tienen un objetivo claro: traer a Sasuke de vuelta a Konoha
Pero antes de ir en busca de su objetivo, se encontrarán con un nuevo y poderoso enemigo: la organización Akatsuki, a la que también pertenece Itachi....